Кожне захворювання починається зі зміни фізіології рослини, а потім вже будови тих чи інших органів. Тому первинні зміни непомітні оком протягом деякого часу, який отримав назву інкубаційного періоду. Після його закінчення стають помітні зовнішні ознаки захворювання - симптоми.
Деякі симптоми однозначні, що дозволяє точно діагностувати захворювання, інші симптоми, а їх більшість, неспецифічні і характерні для багатьох інших захворювань. У таких випадках тільки весь комплекс симптомів, що міняються з часом, можуть допомогти поставити вірний діагноз.
Різні захворювання можуть мати схожі симптоми, хоча причини, що викликають їх, різні. У цих випадках для постановки діагнозу використовують додаткові ознаки.
Все розмаїття морфологічних і функціональних симптомів захворювань різного походження можна поділити на такі основні типи:
1. Зміна забарвлення органів або всієї рослини: антоціаноз, хлороз, поява ореолу.
2. Мацерація і дегенерація клітин і тканин: плямистості, суха і мокра гнилі (розм'якшення клітинних стінок через розпад межклітковлої речовини), некроз (загибель клітин і утворення ділянок відмерлої тканини), муміфікації (тверда гниль) і виявлення, утворення порожнин всередині органів .
3. Зміна фізичних властивостей клітин і тканин рослини: склеротизації (одерев’яніння), розриви епідермісу, кілець і дуг, тріщини.
4. Втрата тургора може призводити до часткового або повного в'янення рослини.
5. Формування видимих структур патогенів та продуктів їх діяльності: поява на поверхні або всередині рослини спороношения, стром, різоформ, міцелію, склероциев, камеді або ексудату.
6. Деформація органів і каліцтва пов'язані з декількома причинами:
7. Відмирання верхівкових меристем і як наслідок пригнічення росту органів або всього рослини.
8. Зміна здатності до зав'язування плодів (абортивності) пов'язане з розвитком гермафродитизму квіток, зміни статі, втратою партенокарпії, стерильністю пилку і т.д.
9. Швидкість течії захворювання і відмирання рослини. Розрізняють безсимптомний і хронічний перебіг захворювання, а також гострий токсикоз, що приводить до швидкої загибелі.
Перерахованими морфологічними симптомами не вичерпується все розмаїття проявів хвороб рослин. При аналізі патологічного процесу слід враховувати й інші ознаки хвороби. До них відносяться: несвоєчасний листопад, опадання плодів і квіток, поява невластивого запаху і інші. При огляді хворого рослини слід звертати увагу на те, що симптоми можуть змінюватися в міру розвитку хвороби, тому ознаки хвороб бажано вивчати в динаміці.